2005年12月，中國醫(yī)科大學為響應“振興東北老工業(yè)基地”的偉大號召，根據(jù)社會和教學、科研及學科發(fā)展的實際需要恢復成立了藥學院。建院以來，在黨和政府的重視和關懷下，在中國醫(yī)科大學大力扶植下，確立了以藥學學科整體建設為基礎、以臨床藥學為特色的發(fā)展方向。學院內(nèi)涵建設健康發(fā)展、綜合能力逐步提升，為培養(yǎng)高層次、高素質(zhì)和高水平的醫(yī)藥學人才做出了卓越的貢獻。
我校藥學學科1940年創(chuàng)建于延安，其中藥理學科于1978年獲首批碩士學位授權學科，于1993年獲東北三省第一個博士學位授權學科。學院現(xiàn)有藥學博士后科研流動站、藥學一級學科博士學位授權點、藥學一級學科碩士學位授權點（下設藥物化學、藥劑學、生藥學、藥物分析學、微生物與生化藥學、藥理學6個二級學科授權點）和藥學專業(yè)學位碩士學位授權點，其中選藥理學科為遼寧省重點學科。2017年，藥學一級學科入選“遼寧省一流學科”。
學院下設藥物化學、天然藥物化學、藥劑學、生藥學、藥物分析學、微生物與生化藥學、藥理學、臨床藥理學、藥物毒理學等9個專業(yè)教研室，天然藥物、生物制藥、合成藥物與仿生藥物、神經(jīng)內(nèi)分泌藥理、離子通道藥理、中藥藥理等6個研究室（實驗室），在三個附屬綜合性醫(yī)院設有3個臨床藥學教研室，另有有1個省級實驗教學示范中心-臨床藥學實驗教學中心、1個省級虛擬仿真實驗教學中心-臨床藥學虛擬仿真實驗教學中心、1個省級大學生創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)教育基地—遼臨床藥學創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)教育基地、1個省級研究生實踐基地—藥學醫(yī)藥協(xié)同與創(chuàng)新實訓規(guī)范化培訓基地、1個生物制藥研究所，另外還設有黨政辦公室、人才培養(yǎng)與學科科研管理辦公室、學生工作辦公室（共青團中國醫(yī)科大學藥學院委員會）3個行政科室。
學院師資力量雄厚?，F(xiàn)有教職工100余人，其中具有高級職稱的占37%，具有博士學位的占66%；有博士生導師9人，碩士生導師18人；3人享受國務院政府特殊津貼，1人榮獲中組部國家“萬人計劃”國家級教學名師稱號，1人榮獲全國優(yōu)秀教師稱號，5人入選遼寧省百千萬人才工程，3人獲聘遼寧省特聘教授，1人當選遼寧省優(yōu)秀專家稱號， 1人榮獲遼寧省教學名師稱號，1人榮獲遼寧省攀登學者稱號。另有10余人次分別在中華醫(yī)學會、中國藥理學會、中國發(fā)明協(xié)會及省、市學會中擔任正、副主任委員或常務委員等職務，在國內(nèi)外享有較高聲譽。
學院學術氛圍濃厚，科研工作深入扎實。在藥理與毒理學、臨床藥學、藥物新劑型設計與評價、藥物代謝和藥物動力學、創(chuàng)新藥物的合成與篩選、中藥與天然藥物藥效物質(zhì)基礎和質(zhì)量標準等領域的研究工作不斷深入。目前建有國家中醫(yī)藥管理局批準的中醫(yī)藥科研三級實驗室2個，二級實驗室3個；遼寧省分子靶向抗腫瘤藥物藥理學研究與評價重點實驗室 1個；遼寧省教育廳高等學校創(chuàng)新團隊1個。 另外還成立了“中國醫(yī)科大學創(chuàng)新藥物與精準醫(yī)學國際研究中心”，與美國芝加哥大學、美國科羅拉多大學、美國賓夕法尼亞州立大學、美國辛辛那提大學、美國梅奧醫(yī)學中心、美國德州大學等國內(nèi)外頂尖專家合作，在逆轉(zhuǎn)腫瘤免疫逃逸的抗腫瘤新靶點以及研發(fā)靶向個性化新藥等方面進行深度合作。
學院獲得國家科技成果獎2項，省、部級科技成果獎10余項，獲得日內(nèi)瓦國際發(fā)明獎、教育部、中國高校、遼寧省、沈陽市等各級獎10余項；獲得國家新藥證書2本，發(fā)明專利5項；獲得國家級科研項目70余項、省部級科研項目90余項、國際合作與資助項目10余項，獲得科研總經(jīng)費近4000萬元；以第一作者或通訊作者身份發(fā)表各類研究論文400余篇，被國外SCIE源期刊收錄160余篇；出版著作20余部。培養(yǎng)博、碩士研究生近300人。
走產(chǎn)學研一體化道路是學院發(fā)展的重要方向，在科研工作中抓好應用基礎研究，抓知識產(chǎn)權，出成果，出效益，出人材。以科研促產(chǎn)品，以產(chǎn)品養(yǎng)科研。立足國際前沿，充分發(fā)揮醫(yī)學、藥學學科齊全的優(yōu)勢，通過學科群建設，促進了學科的交叉、滲透，顯著提高了科技攻關和科技創(chuàng)新能力。目前，我院在與沈陽泗水科技城共建“藥學檢測評價中心”、與廣東合鑫藥業(yè)股份有限公司共建“個體化治療中心”等廣泛合作基礎上，已經(jīng)被遼寧省教育廳批準為“第三批遼寧省高等學校對接產(chǎn)業(yè)集群協(xié)同創(chuàng)新基地”，旨在與西豐醫(yī)藥保健品產(chǎn)業(yè)集群合作，開展“鹿產(chǎn)品”等特色資源保健品研發(fā)與深加工。 另外，我院還成立了“中國醫(yī)科大學藥品食品檢驗檢測中心”，旨在為遼寧省內(nèi)企業(yè)提供藥品、生物樣品、保健（功能）食品及化妝品等檢驗檢測服務，服務遼寧地方經(jīng)濟。
學院積極開展國內(nèi)外學術交流與合作，先后與美國、日本、加拿大、德國、英國、香港等多個國家和地區(qū)的10余所著名大學和科研院所建立了校際合作余交流關系，聘任工程院丁健院士為我校榮譽教授，聘任20余名國內(nèi)外專家為客座教授，每年邀請國外專家來學院講學和舉辦國際性學術會議10余次。
學院面向教育國際化和科學技術迅猛發(fā)展的趨勢，面對醫(yī)藥經(jīng)濟發(fā)展對高等藥學教育的新要求，不斷深化教學改革，努力提高硬件設施和人才培養(yǎng)質(zhì)量?，F(xiàn)承擔研究生、七年制、國際醫(yī)學班、普通班等多層次教學任務，共開設藥學基礎課程14門，選修課程4門，開展國家級和省級繼續(xù)教育項目4項。學院藥學實驗教學中心為省級實驗教學示范中心，建筑面積約6400余平方米，擁有近3000萬元的教學科研設備和儀器，另有門類齊全的常規(guī)藥學實驗設備及氣相質(zhì)譜聯(lián)用儀等大型分析儀器，保證了藥學各層次在校學生1000余人的實驗課教學和科研工作順利開展。學院于2016年獲批遼寧省大學生創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)實踐教育基地。
學院在日常教學活動中積極開展整合教學和PBL教學模式，挖掘?qū)W生自主學習潛力。經(jīng)多年沉淀，目前已承擔各類教學研究課題20余項，獲省教育廳高等教育成果獎3項。臨床藥學專業(yè)被評為遼寧省高等學校重點支持專業(yè)，并在武漢大學中國科學評價中心發(fā)布的中國大學本科教育分專業(yè)排行榜中，在全部開設此專業(yè)的院校連續(xù)4年排名第一。《藥理學》課程于2005年被評為遼寧省精品課程，2008年被評為網(wǎng)絡教育的國家級精品課程，2012年被評為國家級網(wǎng)絡資源精品課程；另外，《藥劑學》、《藥物動力學》于2014年，《生藥學》于2015年分別獲批省級精品資源共享課程。30余名教師參與國家級教材的編寫工作，其中主編的《藥理學》、《藥物化學》、《藥劑學》、《生藥學》、《臨床醫(yī)學概論》為中國醫(yī)藥科技出版社“十三五國家級規(guī)劃教材”，《臨床藥理學》為教育部和衛(wèi)生部“普通高等教育十一五、十二五國家級規(guī)劃教材”，主編的《藥物化學》和《藥物毒理學》為“十二五國家級規(guī)劃教材”，另外還作為副主編參編教材10余本。我院也作為主編單位，完成了成人教育的藥學系列教材的主編工作。 在全院的共同努力下，學院獲批遼寧省教育系統(tǒng)先進集體。
學院高度重視學生綜合素質(zhì)的培養(yǎng)，通過5年的系統(tǒng)本科教學，使學生在畢業(yè)時具備良好的敬業(yè)精神和較寬的知識面，以能力強和素質(zhì)高贏得社會的好評和歡迎。已經(jīng)畢業(yè)的各屆本科生中留校和讀研的占近40%，其余畢業(yè)生也順利的找到了自己理想的工作單位，就業(yè)率穩(wěn)居100%。
當前，藥學院全體教職工認真學習和貫徹黨的十九大精神，落實國家“雙一流建設”和“振興東北等老工業(yè)基地”戰(zhàn)略，完善人才強校、強院機制，著力增強我院的整體水平、綜合實力及核心競爭力，以求學科發(fā)展、抓住新機遇、迎接新挑戰(zhàn)、構筑新優(yōu)勢、贏得新發(fā)展，創(chuàng)造新輝煌。為把我院建設成為多學科協(xié)調(diào)發(fā)展，教學質(zhì)量和科研水平居于東北地區(qū)先進行列，持立足遼寧、面向全國的藥學院而努力奮斗。