南開大學醫(yī)學院采用加強基礎，注重素質，面向臨床的辦學模式組織實施研究生教學。旨在培養(yǎng)具有良好的思想品德和職業(yè)道德、較廣泛的社會科學知識、較寬厚的自然科學背景、較扎實的醫(yī)學基礎理論、較熟練的專業(yè)實踐技能、有解決臨床實際問題和獨立科研工作能力、有較強的創(chuàng)新精神和發(fā)展?jié)撃艿牡轮求w全面發(fā)展的高級醫(yī)學專門人才。目前采用聯合辦學的教育體制，天津市多家三級甲等醫(yī)療院所是醫(yī)學院的附屬醫(yī)院和臨床醫(yī)院。2007年與中國人民解放軍總醫(yī)院（301醫(yī)院）簽約成為南開大學教學醫(yī)院，極大豐富了醫(yī)學院的臨床教學資源。醫(yī)學院與聯合辦學單位在臨床人才培養(yǎng)、學科建設、教學科研等領域開展全方位合作，特別是解放軍總醫(yī)院以一流專家云集、學科優(yōu)勢突出、臨床資源豐富、醫(yī)療技術優(yōu)良而著稱。截至目前我院和聯合辦學單位共有博士生導師98位；碩士生導師158位，其中在301醫(yī)院聘任包括四名中國工程院院士在內博士研究生導師70余人，已和301醫(yī)院聯合培養(yǎng)博士研究生150余人；碩士研究生500余人。

截至2016年，醫(yī)院擁有：

一級學科博士授權一個——臨床醫(yī)學博士學位授權。自2011年9月開始正式招收臨床醫(yī)學博士研究生，目前已開設八個二級專業(yè)，包括：內科學、外科學、婦產科學、老年醫(yī)學、腫瘤學、眼科學、耳鼻咽喉科學、影像醫(yī)學與核醫(yī)學。

一級學科碩士授權4個——臨床醫(yī)學、基礎醫(yī)學、口腔醫(yī)學、食品科學與工程。臨床醫(yī)學自1999年為七年制的學生授予學位，并開始招收三年制研究生；基礎醫(yī)學自2011年9月開始正式招收碩士研究生；口腔醫(yī)學自2007年開始正式招收碩士研究生；食品科學與工程自2018年開始正式招收碩士研究生。

一級碩士專業(yè)學位授權二個——臨床醫(yī)學碩士專業(yè)學位、口腔醫(yī)學碩士專業(yè)學位。醫(yī)學院與天津市人民醫(yī)院聯合培養(yǎng)臨床醫(yī)學碩士專業(yè)學位研究生，與天津市口腔醫(yī)院聯合培養(yǎng)口腔醫(yī)學碩士研究生。學生在學期間同時參加住院醫(yī)師規(guī)范化培訓，住院醫(yī)師規(guī)范化培訓合格證、執(zhí)業(yè)醫(yī)師資格證與碩士畢業(yè)及學位申請相關聯，專業(yè)碩士培養(yǎng)實現四證合一的教育體制。醫(yī)學院自2006年9月開始正式招收臨床醫(yī)學碩士專業(yè)學位研究生，現已開設7個專業(yè)領域：內科學、外科學、婦產科學、兒科學、影像醫(yī)學與核醫(yī)學、腫瘤學、全科醫(yī)學；2015年9月開始招收口腔醫(yī)學專業(yè)碩士，全面招收口腔臨床醫(yī)學各專業(yè)研究生。