本學科源于1981年成立的南京農業(yè)大學農業(yè)環(huán)保研究室，是我國農林類高校中最早設立的環(huán)境類學科之一，1993年設立環(huán)境工程（農業(yè)環(huán)境保護）碩士點，2000年設立環(huán)境科學碩士點，2006年設立環(huán)境科學與工程一級學科碩士點，并經國務院學位委員會批準自主設置環(huán)境污染控制工程博士學位授權點。2013年在江蘇省碩士學位授權一級學位授權點評估中獲得“優(yōu)秀”。
?固體廢物處理與資源化
主要研究城鎮(zhèn)和工業(yè)污泥以及畜禽糞污、餐廚垃圾等有機固體廢物的微生物處理與資源化技術，為有機廢棄物的高效安全利用提供理論基礎與技術支撐。
?水和廢水處理
研究高鹽、有毒難降解工業(yè)廢水和高COD、高SS、高氨氮廢水的微生物處理技術，含重金屬的酸性礦山廢水、含砷地下水的處理技術，微污染水的人工濕地等生態(tài)修復技術以及自來水消毒附產物的消減技術等。
?農田和場地土壤污染控制與修復
研究有毒有機污染物和有毒重金屬在土壤中轉化、植物吸收與調控規(guī)律以及場地修復技術，保障農產品產地、產品質量及城市用地安全。
?環(huán)境評級規(guī)劃與管理
重點開展環(huán)境規(guī)劃、生態(tài)功能區(qū)劃、環(huán)境評估、環(huán)境監(jiān)測與評價的基本原理與方法和有機農業(yè)認證、管理與建設等研究。