本學(xué)科于2001年在南京農(nóng)業(yè)大學(xué)原作物生態(tài)研究室、昆蟲生態(tài)研究室、農(nóng)田生態(tài)研究室的基礎(chǔ)上組建，2011年被批準(zhǔn)為一級(jí)學(xué)科博士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)，是江蘇省一級(jí)重點(diǎn)學(xué)科。
?微生物生態(tài)學(xué)
研究土壤生物與環(huán)境之間的關(guān)系、土壤食物網(wǎng)結(jié)構(gòu)及功能性過程，結(jié)合生態(tài)學(xué)理論和管理措施，揭示對(duì)自然因素和人類干擾下土壤生態(tài)系統(tǒng)的功能特征及調(diào)控機(jī)制，提出促進(jìn)綠色農(nóng)業(yè)的土壤生態(tài)工程管理措施。
?修復(fù)生態(tài)學(xué)
開展畜禽糞便、秸稈、綠肥等農(nóng)林有機(jī)廢棄物在化肥減施、耕地地力提升、污染物環(huán)境行為與生態(tài)風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估等方面的應(yīng)用研究，構(gòu)建環(huán)境友好型污染土壤原位強(qiáng)化微生物長效降解修復(fù)技術(shù)體系。
?生態(tài)系統(tǒng)生態(tài)學(xué)
研究全球變化背景下陸地生態(tài)系統(tǒng)的碳、氮、磷等元素循環(huán)、植物-微生物互作以及生物入侵等生態(tài)學(xué)問題，探索減緩全球變化、保護(hù)生物多樣性與維持生態(tài)系統(tǒng)服務(wù)功能的對(duì)策和生態(tài)工程措施。
?海岸帶生態(tài)學(xué)
以沿海灘涂、近海海域海洋生物與環(huán)境為主要研究對(duì)象，重點(diǎn)研究華東等地區(qū)海岸帶自然資源分布特征、灘涂資源開發(fā)利用生態(tài)農(nóng)業(yè)模式與濕地生態(tài)保護(hù)修復(fù)策略。