中藥學(xué)院始建于1985年，其前身是沈陽藥學(xué)院中藥系。學(xué)院現(xiàn)設(shè)有天然藥物化學(xué)系和中藥系。學(xué)院還設(shè)有學(xué)生實驗中心、中藥標(biāo)本館、藥用植物園。
學(xué)院擁有國家中醫(yī)藥管理局中藥化學(xué)和中藥質(zhì)量控制兩個三級實驗室、教育部與遼寧省創(chuàng)新藥物研究與設(shè)計重點實驗室、遼寧省中藥現(xiàn)代化工程技術(shù)研究中心、中藥資源研究與開發(fā)重點實驗室、遼寧省天然藥物提取分離與工業(yè)制備工程技術(shù)中心。還有沈陽藥科大學(xué)與日本北海道藥科大學(xué)共建的中成藥分析研究室、沈陽藥科大學(xué)與韓國東亞大學(xué)共建的中韓分子生藥學(xué)研究室。
學(xué)院有藥學(xué)和中藥學(xué)兩個一級學(xué)科博士學(xué)位授權(quán)點，十個二級學(xué)科博士點和藥學(xué)博士后流動站。天然藥物化學(xué)、生藥學(xué)、中藥學(xué)科都為省級重點學(xué)科，其中天然藥物化學(xué)學(xué)科被遼寧省列為沖擊國家重點學(xué)科的26個學(xué)科之一，中藥學(xué)科為遼寧省重點發(fā)展的50個學(xué)科之一。中藥資源學(xué)為遼寧省優(yōu)勢特色學(xué)科。天然藥物化學(xué)被評為國家級精品課，生藥學(xué)、有機化合物波譜解析、藥用植物學(xué)被評為省級精品課，中藥制劑分析學(xué)被評為校級精品課。中藥學(xué)專業(yè)為國家級特色專業(yè)。天然藥物化學(xué)團隊為省級優(yōu)秀教學(xué)團隊，中藥化學(xué)實驗中心為省級教學(xué)示范中心。
學(xué)院現(xiàn)有教職工74人，其中專任教師48人。教師中有中國工程院院士1人，教授13人，副教授21人，97.9%的教師具有博士學(xué)位。教師中有遼寧省百千萬人才工程百人層次7人，千人層次4人。學(xué)院教師實力雄厚，基礎(chǔ)堅實，具有豐富的教學(xué)經(jīng)驗和很強的科技創(chuàng)新能力，在中藥及天然藥物活性成份研究領(lǐng)域處于國內(nèi)外領(lǐng)先水平。近三年來承擔(dān)國家重大科學(xué)研究計劃項目7項， 國家授權(quán)專利53項，承擔(dān)國家省市縱向課題157項，其中國家自然基金項目19項，發(fā)表SCI文章430余篇。
學(xué)院積極開展國際合作與交流，多次邀請國外知名專家來校講學(xué)，積極選派青年教師到國外參加進修學(xué)習(xí)，促進了學(xué)科發(fā)展。先后承辦第六屆中日韓生藥學(xué)國際學(xué)術(shù)研討會、第十一屆中藥和天然藥物學(xué)術(shù)研討會、第十二屆全國中藥標(biāo)本館學(xué)術(shù)研討會和第九屆中國中藥鑒定學(xué)教學(xué)研討會等會議，為中藥學(xué)的發(fā)展做出了積極的貢獻。目前學(xué)院與美國，英國，葡萄牙，日本，韓國等多個國家的大學(xué)及研究機構(gòu)建立了良好的合作關(guān)系，每年選派優(yōu)秀本科生，研究生赴國外進行交流。